實(shí)驗(yàn)步驟

懸浮液或生物膜中的共培養(yǎng)

白色念珠菌和/或細(xì)菌在懸浮液或粘附的生物膜中生長 在六孔聚苯乙烯板中，在腦心輸液 (BHI) 培養(yǎng)基中，補(bǔ)充有 5% 胎牛血清 (BHI-FBS)。 補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)程序中提供了其他詳細(xì)信息。

集落形成單位分析

菌落形成單位從生物膜或生物膜的系列稀釋液中鋪板 懸浮培養(yǎng)。 稀釋液涂在 YPD 瓊脂、LB 瓊脂或血液上 瓊脂 30 或 37 離心，視物種而定。 補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)程序中提供了其他詳細(xì)信息。

氧氣測量

使用 Unisense STOX 測量生物膜中的氧濃度 傳感器微電極，每 10 毫米測量一次，從 從上到下。 補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)程序中提供了其他詳細(xì)信息。

基因表達(dá)微陣列

Cy3 或 Cy5 標(biāo)記的 cDNA 與定制的安捷倫微陣列雜交， 在 GenePix Pro 中進(jìn)行分析，并使用 LOWESS 進(jìn)行歸一化。 額外細(xì)節(jié) 在補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)程序中提供。

入藏號

報(bào)告的原始基因表達(dá)陣列數(shù)據(jù)的 GEO 登錄號 在本文中是 GSE55026。

補(bǔ)充信息

補(bǔ)充信息包括補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)程序、四個(gè)數(shù)字、四個(gè)表格和三個(gè)數(shù)據(jù)集，可以通過 本文在線 http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2014.08.057。

致謝

我們感謝 Matthew Lohse、Aaron Hernday、Chiraj Dalal、Oliver Homann 和 本研究中使用的菌株或質(zhì)粒的 Jose Christian Perez； 謝娜 Singh Babak 和 Trevor Sorrells 對手稿發(fā)表評論； 和 豪爾赫·門多薩 (Jorge Mendoza) 提供技術(shù)援助。 我們贊賞使用 加州大學(xué)舊金山分校尼康成像中心。 這項(xiàng)研究得到了美國國立衛(wèi)生研究院的資助 R01AI083311（給 ADJ）和加州大學(xué)舊金山分校突破生物醫(yī)學(xué)研究計(jì)劃獎(jiǎng)，部分由桑德勒基金會(huì)資助。 EPF 是 由 NIH Fellowship T32AI060537 支持，CJN 由 NIH 支持 授予 K99AI100896，并且霍華德支持 DKN 和 ESC 休斯醫(yī)學(xué)研究所 (HHMI) 和國家心臟、肺和血液 NIH 研究所 (R01HL117328)。 DKN 是 HHMI 調(diào)查員。

收稿日期：2014 年 3 月 9 日

修訂日期：2014 年 7 月 31 日

接受：2014 年 8 月 22 日

發(fā)布時(shí)間：2014 年 10 月 9 日

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